独立网店就像现实生活中的品牌专卖店一样，您拥有自己的独立的店标、品牌，独立的企业形像。您能对自己的网店进行专业的“装修”，您也能完全拥有用户的详细资料，同时您也可以针对他们做您想做的各种营销活动。您为用户提供热情、周到的服务;而您商品的价格也因类似的这种附加值的提供，因您经营观念的不同等等而表现出与对手的差异。同时您也知道多一条宣传通道、多一个销售途径、多一种商业模式都能让您的商业经营更有未来。不能因为有了C2C平台上的店铺就放弃B2C独立网店。
品牌建立
独立网店拥有的是独立的顶级域名，域名是由自己选择的能够代表企业形象的，不像淘宝平台的网址，是较长的二级域名。并且，网店推广时是针对自己的域名、网店营销面对的是自己的客户，将人气拉拢、聚集在自己身上，并不是通过淘宝等大平台引流，不存在依赖性、从属性，所以是对自身网店品牌形象的建立和推广。
系统可靠
一个安全稳定的网店系统是选择的先决条件。说得直白一点就是，不安全的网店系统容易被黑掉、经常崩溃。这样的.系统谁都不想要，所以打算做独立网店的商家们别在乎钱多一点少一点。一次投入稍微多一点可以购买稳定、安全、可靠的网店系统，后续维护起来也更加轻松。
推广便捷
自己拥有独立的域名、空间、页面，网店的推广也更简单便捷，推广所带来的流量、品牌印象、知名度等等都完全属于你的独立网店所有，不依附于任何平台、不从属于任何平台，不会担心哪天淘宝店铺被关闭了流量没有了、老顾客没有了、订单没有了，相对而言独立网店更有保障可言。
拓展市场
自己的独立网店，可以进行多方面、全渠道的网络市场的拓展，通过366EC商城系统服务商定制代理商、分销商等平台功能，建立更多下游企业，丰富网络渠道，扩大销售范围，产生更好的收益。
成本降低
进驻平台首先就有门槛费，天猫、京东等平台一年的年费、保证金就是好几万，更不要说后面的推广、提成了，不压干你不罢休。而建立一个独立网店的费用，与这些费用比起来，简直就是小菜一碟。